Las obras que se pueden contemplar en el Museo son variadas y valiosas. Comenzamos por la pintura; al entrar a la izquierda se hallan las nueve tablas hispano-flamencas que formaban parte del retablo de las reliquias. Este conjunto de tablas estaba en las puertas de un gran armario, que las lucía por el interior y por el exterior. Cerrado mostraba la Pasión de Cristo y abierto dejaba ver las reliquias mostrando en las puertas la Infancia de Jesús. Lo encargó el Cabildo a Alonso de Sedano en 1495 y después colaboró con él el Maestro de los Balbases.
También de pintura son las tres tablas flamencas de la Escuela de Amberes, obra de Ambrosius Benson: Cristo bajado de la cruz, la Resurrección y la Ascensión de Cristo a los cielos..
Por lo que se refiere a la orfebrería, en las dos vitrinas colocadas frente a estos cuadros se hallan varias cruces de los siglos XII y XIII. En una vitrina colocada en el muro del Este se pueden apreciar los tres relicarios de plata sobredorada de San Pedro, San Pablo y Santiago..
Lo más destacado en orfebrería es el conjunto litúrgico de la Capilla de la Purificación o de los Condestables: Destacan especialmente un cáliz gótico de oro con engastes de perlas, piedras preciosas y esmaltes, un hermoso portapaz con la Virgen sedente y el Niño así como un pequeño altar portátil de procedencia portuguesa, tallado en marfil a principios del siglo XVI..
En una vitrina adosada al muro del Oeste se halla una obra de orfebrería más moderna es la espectacular custodia de oro, marfil, esmaltes y piedras preciosas realizada en 1927 por Granda, que es utilizada en la procesión del Corpus Cristi..
La cruz arzobispal, del siglo XVI, obra de Juan de Horna y Juan de Arfe, se halla colocada en una vitrina junto a la salida hacia el claustro bajo..
El encontrarnos en la Capilla e Santiago, en la cabecera se halla el retablo, dedicado a este apóstol, que fue realizado en la segunda mitad del siglo XVIII..
En los paramentos libres de la capilla se exponen algunos tapices flamencos del siglo XVI, como muestra de la extraordinaria colección que se conserva en la catedral..