A la Capilla de San Juan Bautista se accedía desde el claustro y a la de Santiago desde la girola, pero a lo largo de la primera mitad del siglo XVI Juan de Vallejo derribó el muro que las separaba, unificando las dos en una sola más irregular, de gran esbeltez y una cubierta que destaca por el bello trazado de las nervaduras.

En estos espacios se ha instalado el Museo catedralicio donde se exponen las piezas más importantes que se conservan en la catedral desde el punto de vista litúrgico y artístico, destacando sus colecciones de pintura, orfebrería y tapices, que son la expresión de la fe sentida y vivida por la Iglesia de Burgos.

Todas las piezas del museo están convenientemente catalogadas mediante su correspondiente cartela informativa para ayudarte a identificarlas.

Por lo que se refiere a la pintura  destacan las nueve tablas hispano-flamencas que formaban parte del  retablo de las reliquias. El conjunto tenía la forma de un gran armario, por lo que las puertas se hallaban pintadas por el interior y por el exterior. Cerrado mostraba la Pasión de Cristo y abierto dejaba ver las reliquias mostrando en las puertas la Infancia de Jesús. Lo encargó el Cabildo a Alonso de Sedano en 1495 y después colaboró con él el Maestro de los Balbases. Las tablas muestran un destacado efecto escenográfico y colorista. También se expone una muestra de pintura flamenca y española que representa la muerte de Cristo

A la mano derecha junto al muro se pueden admirar las tres tablas flamencas de la Escuela de Amberes, obra de Ambrosius Benson: Cristo bajado de la cruz, la Resurrección y la Ascensión de Cristo a los cielos. En las dos vitrinas colocadas frente a estos cuadros se hallan varias cruces de los siglos XII y XIII

Respecto a las piezas de orfebrería son de destacar al principio los tres relicarios de plata sobredorada de San Pedro, San Pablo y Santiago. Pero es necesario señalar que las más relevantes pertenecen al conjunto litúrgico de la Capilla de la Purificación o de los Condestables. Las podemos contemplar un poco más adelante seguidas de las obras destinadas al culto. Destacan especialmente un cáliz gótico de oro con engastes de perlas,  piedras preciosas y esmaltes, un hermoso portapaz con la Virgen sedente y el Niño así como un pequeño altar portátil de procedencia portuguesa, tallado en marfil a principios del siglo XVI.

Una obra de orfebrería más moderna es la espectacular custodia de oro, marfil, esmaltes y piedras preciosas realizada en 1927 por Granda, que es utilizada en la procesión del Corpus Cristi.
La cruz arzobispal, del siglo XVI, obra de Juan de Horna y Juan de Arfe, se halla colocada en una vitrina junto a la salida hacia el claustro bajo.

El gran retablo, dedicado al apóstol Santiago, fue realizado en la segunda mitad del siglo XVIII. Junto a este retablo encontramos la imagen procesional de Cristo atado a la columna realizada por Diego de Siloé en el año 1519.

En los paramentos libres de la capilla se exponen algunos tapices flamencos del siglo XVI, como muestra de la extraordinaria colección que se conserva en la catedral.