El Coro, encargado a Felipe de Vigarny y realizado entre 1506 y 1513, ocupa los tres tramos de la nave central anteriores al crucero. Es obra grandiosa llevada a cabo por destacados escultores, entre otros, este escultor, maestro y cantero, llamado el Borgoñón, que fue traído a España por el Cardenal Cisneros. Se le supone nacido en la Borgoña francesa.
En esta obra participaron intensamente Diego de Siloé, Andrés de Nájera, Simón de Bueras y García de Arredondo con sus respectivos talleres. A pesar de la aparente uniformidad es el resultado de tendencias artísticas diferentes, tanto en su estructura como en los relieves, adornos y taraceas. En el plano inferior hay 44 asientos que llevan tallados en sus respaldares el santoral de la Iglesia y algunos pasajes de la infancia de Cristo. El nivel alto dispone de cincuenta y nueve sillas separadas por columnas y están adornadas con relieves de la vida de Cristo, desde la Anunciación hasta la Resurrección y aparición a Santo Tomás. Toda ella está rematada con un friso a modo de dosel corrido, que presenta paneles tallados con escenas del Antiguo Testamento, separadas con estatuillas de profetas y santos.

Todo el conjunto está tallado en madera de nogal. La reja es obra de Juan Bautista Zelma, que la realizó en 1602 con diseños de Gregorio Martínez. Una estatua funeraria de lo mejor del siglo XIII, la del obispo don Mauricio, fundador de la Catedral, de madera revestida de cobre repujado y esmaltado, parece presidir tan solemne lugar.

El triforio

El triforio, es la galería o pasadizo que recorre perimetralmente el segundo cuerpo de la nave central y del crucero.

La belleza del triforio lo constituyen sus tracerías, apoyadas en esbeltas columnas. Sus arquivoltas se adornan con multitud de cabezas humanas de hombres y mujeres de todas las clases sociales: reyes, nobles, plebeyos o seres deformes con caras bifaces y de animales, que simbolizan a los creyentes con las virtudes, defectos y vicios de la iglesia que peregrina y se purifica.

Sepulcro de D. Pedro Fernández de Villegas

Nos sale al paso el magnífico sepulcro gótico, adosado al muro de la capilla de San Nicolás, en el que descansan los restos mortales de D. Pedro Fernández de Villegas, que vivió entre 1453 y 1536. Fue Arcediano de Burgos y destacado miembro del Cabildo, notable humanista y primer traductor en verso castellano de la Divina Comedia de Dante. El sepulcro se construyó años antes de su muerte, hacia 1510, pudiendo ser una de las últimas obras de Simón de Colonia. Su estilo gótico florido sigue el mismo diseño del modelo utilizado para el del también Arcediano D. Fernando Díaz de Fuentepelayo, que falleció en el año 1492, obra de Gil de Siloé, que hemos contemplado en la capilla de Santa Ana.

Sobre el arca sepulcral, cuyo frente se adorna con los relieves de los apóstoles San Pedro y San Pablo en el centro y pajes con los escudos del Arcediano a uno y otro lado, destaca su estatua yacente y en el fondo del arco la presentación de Jesús en el Templo. Sobre el arco conopial se halla representada la Anunciación del Ángel a la Virgen, el jarrón de azucenas y el Padre Eterno coronando el monumento. En los pilares o agujas que lo enmarcan se hallan representados  apóstoles y santos en doble piso