Capilla de San Juan de Sahagún

Esta Capilla aún conserva la arquitectura gótica del siglo XIV, posteriormente alterada, y en aquel momento dedicada a Santa Catalina de Alejandría. Del siglo XIV conserva las bóvedas de crucería adornadas con los escudos de la familia de los Rojas. En ella estuvieron los sepulcros de la fundadora Dª María de Rojas y los de sus hijos Rodrigo, Diego y Martín, tallados en madera y policromados, que actualmente no se conservan, pues la capilla ha sido modificada en varias ocasiones. Destacan en esta capilla las pinturas murales de santa Catalina y Santa María Magdalena, obras del siglo XIV, del gótico internacional.

Desde el año 1765 esta capilla está dedicada a San Juan de Sahagún, canónigo de  esta Catedral en el siglo XV, posteriormente catedrático en la Universidad de Salamanca y fraile agustino. Murió en Salamanca en el año 1478 y fue canonizado en 1690. Desde entonces, varias de sus reliquias fueron traídas a la catedral de Burgos y colocadas en la capilla de San Pedro, contigua a la de santa Catalina. Cuando en 1766 esta capilla de San Pedro se transforma en Capilla de las Reliquias fue trasladado su culto a ésta de los Rojas y desde aquel momento es  denominada de San Juan de Sahagún. El retablo fue diseñado por José Cortés, realizado por Fernando González de Lara y dorado por Andrés Carazo y su hijo Juan. Se trata de una obra clasicista decorada con abundantes motivos de rocalla. Destaca la imagen del santo, vestido con traje canonical de Burgos, obra realizada por Juan Pascual de Mena; el relieve del remate, que recuerda la capilla de San Pedro y que representa la visión de Joppe, es obra del tallista burgalés Manuel Romero, el Viejo.