La capilla de la Natividad de la Virgen María es una joya de la plenitud del renacimiento en arquitectura y en escultura.

Fue fundada por Doña Ana de Espinosa, viuda de D. Pedro González de Salamanca, en el espacio de dos capillas anteriores del S. XIII dedicadas a San Gil y a San Martín de Tours. Las obras de la capilla comenzaron en 1562. Fueron realizadas en su arquitectura por el maestro de cantería Martín de Berriz y el escultor y arquitecto Martín de la Haya, que hizo el retablo y la sillería, ayudado del escultor Domingo de Berriz y los doradores Juan de Cea y Constantino de Nápoles. Pedro de Arce realizó la vidriera, perdida en 1813, y Denys de León la reja.

La arquitectura de la capilla pertenece al estilo renacimiento-manierista y en ella destaca la magnífica cúpula ovalada con linterna, que cubre el espacio rectangular, decorada con los cuatro evangelistas policromados y los cuatro doctores de la Iglesia, San Gregorio, San Agustín, San Jerónimo y San Ambrosio, en las pechinas como bajorrelieves también policromados.

El retablo es también de estilo renacimiento-manierista, y está enmarcado en un esbelto arco triunfal de arquitectura pétrea que asciende hasta la cúpula. En los laterales una doble columna estriada mantiene el arco. Entre las columnas destacan las estatuas de San Pedro y San Pablo, y en el segundo cuerpo, también de dobles columnas estriadas, Santa Ana y Santa Catalina, de devoción de la fundadora y su hija. Todo ello fue bellamente policromado y dorado por Juan de Cea y Constantino de Nápoles.

Retablo de esta Capilla

El retablo es de madera de nogal, y está compuesto de banco, dos cuerpos y un ático o remate, dividido en tres calles. En el banco presenta la cena en el centro y cuadros de la Pasión en los laterales. En el primer cuerpo desarrolla la vida apócrifa de María y el abrazo de Joaquín y Ana, los padres de la Virgen, Nacimiento de María en el centro en altorrelieve y bulto redondo, de escultura romanista, realzada por los oros y los bellísimos brocados de la policromía, y la presentación de la Virgen en el templo a la izquierda.

En el segundo cuerpo, se presentan pasajes del Evangelio de S. Lucas: Anunciación del Ángel a la Virgen a la derecha, Adoración de los Magos en el centro y la visita de la Virgen a su prima Isabel a la izquierda, con la misma calidad de oro y policromías del primer cuerpo. El ático lo componen un Calvario con los ángeles pasionarios a su alrededor y las tallas de S. Gil y S. Martín, para perpetuar la primitiva dedicación de las capillas. En el muro de la izquierda hay dos lienzos del S. XVII, de S. Francisco de Asís y San Antonio de Padua.

Entre ambos y  bajo un arcosolio se halla un retablito, con un magnífico tríptico flamenco de la primera mitad del siglo XVI, que representa un Cristo con la Cruz a cuestas, con San Pedro y Santiago. Remata el retablillo una Piedad y en la base una Última Cena en pintura sobre fondo de oro

A los pies de la capilla se halla una sillería de coro de nogal, con magistrales relieves de la Anunciación y las Virtudes teologales y cardinales, obra de Martín de la Haya.